Equipe "Plasticité Génomique, Biodiversité, Antibiorésistance"  

L'utilisation des antibiotiques en élevage est allée de pair avec la sélection de bactéries résistantes. La présence de ces bactéries constitue un risque pour l'élevage (échec thérapeutique) et pour la santé publique (contamination de l'homme par des bactéries/gènes résistants). Les travaux de recherche sont développés selon différents axes :

1. Etude des mécanismes de résistance bactérienne aux antibiotiques et conséquences sur le pouvoir pathogène des bactéries : caractérisation moléculaire, biochimique, génétique et protéomique, colonisation in vivo et virulence.

- Les mécanismes de résistance et leurs supports génétiques sont étudiés au niveau fondamental, génétique et protéomique. Les mécanismes de résistance aux antibiotiques thérapeutiques majeurs tels que les phénicolés et les fluoroquinolones sont étudiés aux niveaux moléculaire et biochimique. Le support génétique de la résistance (chromosome et plasmides) ainsi que les structures génétiques spécifiques (transposons, intégrons, clusters de gènes chromosomiques) sont caractérisés.

Les bactéries étudiées sont des pathogènes majeurs en élevage ou des bactéries à risque pour l'élevage ou pour la santé humaine: Salmonella Typhimurium DT 104 et de divers lysotypes, Salmonella Agona et d'autres sérotypes, Campylobacter coli et C. jejuni, E. coli.

- L'aptitude à la colonisation et le pouvoir pathogène de bactéries multirésistantes aux antibiotiques (Salmonella et Campylobacter) sont étudiés dans un modèle expérimental de poulets à flore contrôlée maintenus dans des conditions de haute protection (isolateurs).

2. Étude de l'évolution de la résistance en élevage et impact sur l'environnement: émergence, sélection, diffusion.
L'émergence, la diffusion et l'évolution de la résistance aux antibiotiques sont étudiés en élevage ainsi que les conditions de sélection de bactéries résistantes. L'objectif est de mieux connaître les différents réservoirs de gènes/bactéries résistants en élevage, leur évolution et leur impact sur l'environnement.

Résultats

• Caractérisation de la résistance aux phénicolés (chloramphénicol et florfénicol), identification de nouveaux gènes de résistance sur le chromosome ou sur des plasmides chez E. coli, Salmonella Typhimurium et S. Agona.
  
• Caractérisation du locus de multirésistance chromosomique (associant la résistance aux ß-lactamines, phénicolés, tétracyclines, aminosides et sulfamides) chez S. Typhimurium DT104 et S. Agona. Mise en évidence de la présence de ce locus dans un îlot génomique. Mise en évidence de l'îlot génomique chez différents sérotypes de Salmonella.
  
• Caractérisation des mécanismes de résistance aux quinolones chez Campylobacter, Salmonella, E. coli. Mise en évidence de l'importance de l'efflux chez Salmonella et E. coli.

Collaborations

Publications récentes

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