Les antibiotiques en élevage : état des lieux et problèmes posés.

*INRA Centre de Tours, UR86 BioAgresseurs, Santé, Environnement - Equipe "Résistance aux antibiotiques"

En élevage de rente, les antibiotiques ont tout d'abord une utilisation thérapeutique visant l'éradication d'une infection présente - but curatif - ou la prévention d'une infection possible, à l'occasion d'un transport, d'une vaccination ou d'un stress - but prophylactique -. L'utilisation des antibiotiques thérapeutiques est sous le contrôle des vétérinaires. La voie d'administration la plus rapide pour traiter un grand nombre d'animaux, est l'eau de boisson ou l'incorporation dans l'aliment. Cet aliment de traitement ou aliment médicamenteux est alors préparé pour la durée du traitement et est considéré comme un médicament. Les principales familles d'antibiotiques sont représentées mais le nombre de molécules est très restreint si on le compare avec celui des molécules à usage humain.

A côté de cette utilisation thérapeutique, on trouve une utilisation propre à l'élevage de rente : l'usage zootechnique. Cette pratique relève d'une observation qui date du début de l'utilisation des antibiotiques : si de faibles quantités d'antibiotiques étaient incorporées dans l'aliment pendant la période de croissance des animaux, on obtenait une amélioration du gain de poids que l'on pouvait estimer entre 2 à 5 %. Cet effet zootechnique était principalement observé dans des élevages avec un niveau d'hygiène précaire, et tendait à diminuer avec l'amélioration sanitaire de l'élevage. La législation mise en place en 1974 et revue au cours des dernières années, définit la liste des molécules utilisables dans ce but. En Europe, dès 1974, on ne pouvait plus utiliser dans ce but ni les ß-lactamines ni les tétracyclines. Celles-ci sont encore utilisées aux Etats-Unis dans ce but, et à des doses proches des doses thérapeutiques. En Europe, depuis janvier 1999, seules quatre molécules sont utilisables en tant qu'additifs ou facteurs de croissance. Parmi celles-ci, deux seulement ont une activité antibiotique. Ces deux molécules n'ont de relation de structure ou d'activité avec aucune molécule utilisée en médecine humaine ou vétérinaire. Il s'agit de l'avilamycine et du flavophospholipol.

Mécanismes de résistance, et les grandes évolutions.

Toute utilisation d'antibiotique conduit tôt ou tard à la sélection de bactéries résistantes. Nous ne connaissons pas d'exemple qui échappe à cette règle. Les mécanismes de résistance sont multiples et variés. On peut citer la synthèse d'enzymes bactériennes capables de modifier la molécule antibiotique et ainsi de l'inactiver, la modification-protection de la cible de l'antibiotique - ribosomes - , la synthèse d'enzymes capables de court-circuiter la voie métabolique dans laquelle intervient l'antibiotique, la diminution de la perméabilité bactérienne ou encore la mise en place d'un système actif d'efflux de la molécule hors de la bactérie. Les supports génétiques de ces différents mécanismes peuvent être le chromosome ou des plasmides dont beaucoup d'entre eux sont transférables entre bactéries. Ces plasmides transférables jouent un grand rôle dans la diffusion de la résistance.

Des évolutions constantes sont observées avec, semble-t-il, une accélération dans les dernières années. C'est tout d'abord une augmentation de la fréquence de bactéries résistantes et une augmentation de leur multirésistance. Actuellement, en élevage intensif, les bactéries isolées à l'occasion d'une pathologie, sont en majorité résistantes à plusieurs antibiotiques de familles différentes. Ainsi, si une bactérie, par exemple, résiste à quatre antibiotiques de familles différentes, l'utilisation d'un seul de ces antibiotiques favorisera la sélection et la diffusion de cette bactérie, mais également des différents mécanismes de résistance aux autres familles d'antibiotiques. On parle alors de phénomène de co-sélection.

La surveillance en filière animale / Réseaux vétérinaires et réseaux médicaux.

Le meilleur outil pour suivre l'évolution de la résistance aux antibiotiques dans une filière de production, et à l'échelle d'une région ou d'un pays, est un réseau de surveillance, avec une structure pérenne, et nationale. Nous avions en filière bovine en France, le réseau Résabo (Afssa-Lyon) qui surveillait depuis plus de vingt ans la résistance aux anti-infectieux des principales bactéries pathogènes chez les bovins - E. coli, Salmonelles, Pasteurelles. Ce réseau vient d'être intégré dans une structure unique et plus large, Resapath, qui doit assurer le suivi de la résistance aux antibiotiques dans les filières bovine, avicole et porcine (responsables, Afssa-Lyon, Afssa-Ploufragan).
A partir des collections ainsi constituées, et dans le cadre de collaborations, nous avons mis en place à Tours, à l'unité de Pathologie Aviaire et Parasitologie, de nombreux programmes de surveillance et d'identification des mécanismes de résistance présents ou émergents.
Plusieurs réseaux existent en milieu hospitalier et en médecine de ville. Une structure nationale l'ONERBA
- Observatoire National de l'Epidémiologie de la Résistance Bactérienne aux Antibiotiques -, qui fédère l'ensemble de ces réseaux, a été mise en place en décembre 1996. L'Inra et l'Afssa sont représentés dans son conseil scientifique.

Risques pour la santé animale; Risques pour la santé humaine .

La conséquence immédiate de la résistance aux antibiotiques en élevage est l'échec thérapeutique. L'utilisation d'antibiotiques thérapeutiques est encore trop souvent faite sans antibiogramme préalable.

Pour la santé humaine, le risque peut être de deux ordres : risques posés par les résidus dans la viande de consommation et risques dus à la contamination de l'homme par des bactéries zoonotiques résistantes à des antibiotiques utilisés chez l'homme.
Des risques toxiques et allergiques peuvent être encourus par le consommateur du fait de la persistance de résidus dans les denrées alimentaires. En élevage de rente, la législation actuelle a conduit depuis le 1er janvier 1997, à la définition des Limites Maximales de Résidus -LMR- , et toute utilisation d'antibiotiques thérapeutiques en dépend - temps d'utilisation, période d'arrêt de traitement avant l'envoi de l'animal à l'abattoir -. Des antibiotiques pour lesquels aucune LMR n'était acceptable ont été retirés par décision européenne. C'est le cas du chloramphénicol et des nitro-imidazoles. En conséquence, le problème des résidus ne doit plus se poser, au terme de la mise en place de cette nouvelle législation.
Le risque dû au transfert de bactéries pathogènes zoonotiques de l'animal à l'homme existe. Les transferts sont possibles mais il est difficile de les mettre en évidence, de les quantifier et d'en mesurer les conséquences. De plus, lorsque les mêmes molécules thérapeutiques sont utilisées chez l'homme et l'animal, il est difficile de faire la part de la sélection de bactéries et de mécanismes de résistance qui relève d'une utilisation à l'hôpital, en médecine de ville ou en élevage.

Conséquences de l’utilisation zootechnique: les inquiétudes, les risques.

Nous avons peu de données précises sur l'effet sélectionnant des additifs zootechniques. Parmi les additifs, une molécule, l'avoparcine, qui avait chez l'animal une seule utilisation zootechnique, a fait l'objet de nombreuses discussions. Cette molécule est très proche de la vancomycine utilisée à l'hôpital contre les staphylocoques multirésistants et apparaît souvent comme l'ultime antibiotique efficace.

Différentes situations sont rencontrées comme aux USA où la fréquence d'entérocoques résistants à la vancomycine est élevée à l'hôpital - jusqu'à 20 % - mais où l'avoparcine n'est pas utilisée dans les élevages et en France où la fréquence de résistance à l'hôpital reste faible - < 2 % - malgré une utilisation zootechnique de l'avoparcine. En vertu du 'principe de précaution', l'avoparcine a été interdite d'utilisation par décision européenne depuis le 1er avril 1997. Trois molécules de la famille des macrolides-synergistines et la bacitracine, qui avaient également une utilisation en médecine humaine, ont été interdites d'utilisation à but zootechnique en 1999.Il ne reste donc dans la législation européenne que quatre molécules qui peuvent être utilisées comme additifs zootechniques, et dont deux ont une activité antibiotique. Les deux autres sont des anticoccidiens. Le risque de sélectionner par cette voie des bactéries résistantes ou des mécanismes de résistance à des antibiotiques thérapeutiques semble écarté.

Conclusion.

L'arrivée des antibiotiques en médecine humaine et en élevage a considérablement amélioré l'état sanitaire des populations humaines et des animaux. Mais leur facilité d'utilisation a eu pour conséquence la sélection de bactéries résistantes et multirésistantes. Nous avons à gérer une situation difficile et sans doute irréversible. Dans le domaine vétérinaire, la législation régulièrement remise à jour pour garantir une alimentation humaine de qualité impose des règles rigoureuses. Une responsabilisation de tous les partenaires est impérative. Elle doit passer par le respect de la législation et une prise de conscience des enjeux tant pour l'élevage que la santé humaine.

INRA Centre de Tours, UR86 BioAgresseurs, Santé, Environnement - Equipe Résistance aux antibiotiques.